Sans pour autant être sa seule création, les Fables sont incontestablement son chef-d'œuvre. Le premier recueil fut publié en 1668, et ne cessa d'être augmenté de textes nouveaux. Le choix du genre de la fable répondait à une stratégie littéraire complexe, qui peut paraître paradoxale. Remontant à une tradition ancienne (Ésope, VIe siècle av. J.-C.), la fable, ou apologue, est un genre d'origine populaire, consistant en un récit court, souvent agrémenté d'un dialogue, et servant à illustrer une morale. Au cours des siècles, le répertoire de la fable s'est constamment enrichi, constituant un fonds de sagesse populaire et de morale pratique. Les latins (Phèdre, Ier siècle), puis les auteurs français et italiens du Moyen Âge et de la Renaissance ont perpétué cette tradition, surtout présente au XVIIe siècle dans l'usage scolaire : on s'en servait alors dans les collèges comme exercice de traduction et comme leçon de morale. Le genre de la fable est au XVIIe siècle un genre bas, sans dignité littéraire. Or c'est ce genre que choisit La Fontaine, qui y voyait la possibilité de pratiquer une poésie naturelle, spontanée, pleine d'élégante simplicité, propre à plaire au public des salons. Dès la publication du premier livre des Fables, une véritable mode fut lançée : «Il n'y a pas d'instruction qui soit plus naturelle et qui touche plus vivement que celle-ci.», écrivit l'académicien Furetière en 1671.

La Fontaine avait, il est vrai, transformé ce genre simple, quasi rustique de l'apologue ésopique. La grande nouveauté de ses Fables réside dans l'importance accordée au récit. La morale était pour ainsi dire la colonne vertébrale de l'apologue ésopique, le récit n'ayant qu'une fonction secondaire, d'illustration. Chez La Fontaine, au contraire, celui-ci se développe considérablement par rapport à la morale, qui, loin de rester la seule finalité de la fable, en devient plutôt le prétexte. Ainsi, les canevas des fables d'Ésope se transforment-ils en véritables petites scènes de genre, pittoresques et circonstanciées, le plus souvent teintées d'humour. Jouant sur l'alternance irrégulière de différents mètres (octosyllabes et alexandrins, par exemple), utilisant des effets complexes de rythmes, d'assonances et de rimes, La Fontaine se sert de toutes les ressources de la forme versifiée pour dynamiser le récit, lui donner l'allure naturelle d'un conte, à mi-chemin entre prose et poésie. Par ailleurs, le rapport, constitutif du genre, entre récit et morale, est subverti, ou du moins assoupli par La Fontaine, qui explore toutes les possibilités que peut lui fournir cette structure de l'apologue. S'abstenant souvent de formuler la morale (c'est le cas, notamment, de la première fable du recueil, «la Cigale et la fourmi»), proposant parfois deux fables propres à illustrer la même morale (comme pour «le Héron» et «la Fille», Fables, VII, 4), ou, à l'inverse, deux morales expliquant la même fable, il invite le lecteur à lire la fable comme un jeu, et à prendre ses distances avec toute tentation de moralisme. Charge est alors donnée au lecteur de suppléer à l'absence de dogmatisme du fabuliste en dégageant, selon sa propre subjectivité, une leçon morale qu'on s'abstient de lui formuler de façon univoque. Car les Fables de La Fontaine, c'est là peut-être leur caractéristique la plus spécifique, déploient, à l'échelle de la fable, comme à l'échelle du recueil, une esthétique de la conversation. Abondant en dialogues, leur récit est composé d'une polyphonie de voix narratives, qui leur donnent leur dimension théâtrale : la morale elle-même se trouve parfois dans la bouche d'un personnage, comme le Renard («Apprenez, Monsieur du Corbeau, que tout flatteur vit au dépend de celui qui l'écoute!», «le Corbeau et le renard», Fables, I, 2). Mais surtout, le fabuliste se met lui-même en scène sur le théâtre de ses fables, prenant le lecteur à parti, nourrissant certains des récits d'expressions personnelles («Quand je suis seul, je fais au plus brave un défi; je m'écarte, je vais détrôner le Sophi, on m'élit roi, mon peuple m'aime. Les diadèmes vont sur ma tête pleuvant : quelque accident fait-il que je rentre en moi-même!; je suis gros Jean comme devant!», «la Laitière et le pot au lait», Fables, VII, 9). Ainsi, le conteur-fabuliste joue-t-il un rôle de médiateur, par rapport à la société policée de ses lecteurs, désignée par les épîtres-liminaires de chacun des douze livres du recueil. À cette société, il adresse, en images et en discours, la figure d'un monde imaginaire, reflet voilé et plein de grâce du monde dur, féroce et cruel de la société des hommes. Telle est la fonction du conteur-fabuliste qui cherche à ménager une distance esthétique entre la vérité des «choses de la vie» et les sentiments délicats de ses auditeurs civilisés.